1.中原大学与医科恢复（1948—1949）

1948年10月,开封二次解放,为适应我军战略决战形势的需要,在中原军区领导下,以中原军区四纵队卫生学校及原河南大学医学院部分留汴人员为基础,在原河南大学医学院旧址成立中原大学医学院,由中原军区卫生部直接领导。中原军区卫生部部长齐仲桓任院长。原四纵卫校校长谭壮任副院长。是年10~12月在开封陆续招生,1949年1月正式开学,同年4月,河南军区卫生学校和五十八军卫生学校部分人员相继并入中原大学医学院。当时继续招生,设有医科班、司药班、护士班、助产班、化验班等共16个班500余学生。

1948年8月中原军区四纵队接办卫生学校,更名为中原军区四纵队卫生学校,随部队进人豫西,校址设在河南临汝县,校长由四纵队卫生部部长谭壮兼任。1948年10月迁开封。

1949年4月21日凌晨,中国人民解放军强长江,挺进江南。中原大学医学院部分师生有力地支援了解放的争。齐、谭院长奉调过江后,该院院长由河南军区卫生部部长王)钧兼任。

1949年5月,一部分学生随第二野战军过江南下抵南京后,改为第二野战军医科大学,后又入川在重庆组建第三军医大学，一部分留汴继续学习深造。是年7月,前河南大学医学院师生(教职工27人,学144人)由河南省人民政府派员赴苏州迎接返汴并人中原大学医学院。

2.院系调整与独立建院（1949—1952）

1949年8月16日,河南省军区、省人民政府联合决定,将中原大学医学院由军区移交给河南大学,称河南大学医学院,同时任命芦长山为院长。

1952年10月,全国高等院校开始了大规模的院系调整, 是年8月至9月间,中共中南局和河南省委宣布对河南的高等学校进行调整。同年8月14日,经中国共产党河南省委员会组织部批准在河南医学院成立党分组。由芦长山、王明波、杜葆林、颜静琪、宋健、陈恺、张道彰7人组成,芦长山任书记。党分组的成立,是河南医学院政治生中的一件大事,这对加强党对学校的领导,保证学院纳人正轨以各项工作顺利开展起着重要作用。

1952年10月河南大学开始了院系调整工作,经中教育部批准,医学院开始独立建院,改名为河南医学院,归中央生部及中南卫生部领导。但为了获得地方的支持,采取委托河省卫生厅代管,其经费仍由中南卫生部拨发。院长仍由芦长山任。